Für Dienstnehmer mit sehr geringem Einkommen – dh Einkommen unter der Besteuerungsgrenze – führt das erhöhte Pendlerpauschale zu einer höheren Negativsteuer. Statt € 110,- wie bisher können sie für die Kalenderjahre 2008 und 2009 einen Höchstbetrag in Höhe von € 200,- erhalten. Dieser „Pendlerzuschlag“ in Höhe von höchstens € 90,- steht zu, wenn mindestens in einem Kalendermonat Anspruch auf das Pendlerpauschale besteht. Die Negativsteuer (Pendlerzuschlag einbezogen) ist mit 10 % der Arbeitnehmerbeiträge zur gesetzlichen Sozialversicherung begrenzt.

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